En Linux
Rsync
Rsync es una herramienta para linux (aunque es posible instalarla en windows con CygWin) para sincronizar archivos y directorios dentro del mismo pc o de forma remota. Muy util para realizar respaldos ya sea completos o incrementales.
Para sincronizar dos directorios simplemente ponemos lo siguiente en la consola:
rsync -av directorio1 directorio2
Esto copiará el directorio1 dentro del directorio2.
La opcion -a es el modo archivo y -v es para que muestre la salida. Les recomiendo el articulo de la fuente que realiza una revisión detallada de rsync.
Fuente: http://www.vicente-navarro.com/blog/2008/01/13/backups-con-rsync/
Backuppc
Este es una utilidad web que puede instalarse desde los repositorios de Ubuntu o descargarlo desde el sitio oficial. Soporta backups remotos a través de samba para respaldar equipos con Windows o equipos linux a través de rsync
Para instalarlo ponemos en la consola:
apt-get install backuppc
Una vez instalado, tenemos que establecer el password, para ello ejecutamos:
htpasswd /etc/backuppc/htpasswd backuppc
Luego ingresamos a través de la URL http://localhost/backuppc y nos pedira el usuario (backuppc) y la contraseña que seteamos en el paso anterior.
Para configurar los equipos a respaldar pueden seguir esta guia: http://www.howtoforge.com/linux_backuppc
Más información la encuentran en la documentación del Proyecto
Windows
SyncToy
SyncToy es una utilidad para Windows que nos permite sincronizar dos directorios. Lo pueden descargar de aquí y les recomiendo seguir este tutorial bastante completo de como configurarlo.